Monitoraggio Pandemia Italiana basato sul Tasso di Positivita' (TPR)

Versione prelimionare a breve nuova veste grafica:

I riferimenti sono nelle mie pubblicazioni tra le quali:

Predictive capacity of COVID-19 test positivity rate
Fenga Livio; Gaspari Mauro, SENSORS, 2021, 21, pp. 1 - 15.

The impact of Test Positivity on Surveillance with Asymptomatic Carriers
Mauro Gaspari. Epidemiologic Methods 11.s1 (2023): 20220125.

A Low-Cost Early Warning Method for Infectious Diseases with Asymptomatic Carriers
Mauro Gaspari. Healthcare 2024, 12(4), 469.

Lo studio The impact of Test Positivity on Surveillance with Asymptomatic Carriers presenta il TPR usato in questo sito e mostra come questo precede di circa 5 giorni l'incidenza considerando 60 diverse situazioni.
Il metodo sviluppato con Livio Fenga per le previsioni sugli ospedalizzati se applicato all'ultimo periodo con il nuovo TPR tiene conto dell'impatto dovuto ai vaccini.

Il TPR calcolato in questo sito e' basato sui tamponi e sui nuovi positivi, e' una variazione del TPR definito nell'articolo pubblicato con Livio Fenga.
A partire dal 17/11/2021 introduco una nuova modalita' di calcolo che permette di anticipare ulteriormente l'andamento dell'indicatore rispetto alla rolling average standard, con correzione il 23/11/2021 per migliorarne la stabilita'.
Il TPR cosi definito permette di confrontare l'andamento delle regioni e risulta essere un potente strumento per il monitoraggio. Per calcolare il TPR i dati nazionali sono ottenuti come somma delle regioni. Questo ha permesso di correggere diversi errori, gia' corretti per le regioni, e di aggiungere dove possibile i dati sui tamponi antigenici. Per le regioni Veneto, Toscana, Friuli, Piemonte e Alto Adige sono presenti i dati sui tamponi antigenici utilizzati da ottobre 2020 fino al 15 Gennaio 2021.
Per le altre regioni i dati del TPR nella seconda fase fino al 15 Gennaio 2021 possono essere imprecisi in quanto mancano i dati sui temponi antigenici.

I successivi diagrammi presentano nell'ordine sia al livello nazionale che regionale:
  • L'andamento del TPR verso Ospedalizzati e Terapie Intensive, viene anche riportata la percentuale dei vaccinati sia quelli che hanno avuto un unica dose, sia quelli che hanno completato il percorso. La percentuale dei vaccini fatti in Gran Bretagna e' molto piu' alta: oltre al 45% hanno completato il percorso e a oltre il 60% e' stata somministrata una sola dose.
  • Il rapporto tra incidenza e TPR.
  • Indici di ospedalizzazione (nuova versione). Questo diagramma include la rolling average a 7 giorni: la percentuale tra terapie intensive e ospedalizzati (4 giorni prima); la percentuale tra Ospedalizzati e Positivi (quattro giorni prima), e la percentuale tra morti e terapie intensive (quattro giorni prima). Questi strumenti, definiti anche variant buster, possono individuare cambiamenti di tendenza che possono essere dovuti alla presenza di nuove varianti.
  • Il confronto tra Incidenza e Tamponi: l'incidenza dovrebbe seguire l'andamento dei tamponi, se si discosta possono esserci problemi nella trasmissione dei dati, si nota chiaro un discostamento in Sicilia nel periodo Gennaio Febbraio 2021.
  • Calcolo di Rt basato sul TPR, versione preliminare. Questa modalita' di calcolo di Rt puo' catturare anche variazioni dovute a casi non noti. Nel periodo invernale i valori di Rt sono conformi, riguardo l'andamento, a quelli calcolati con il metodo CovidStat dell'INFN, si discostano invece anticipando l'andamento nel periodo estivo. Quando la discesa del tasso di positivita' si attenua Rt comincia a salire.

    La nuova versione del TPR permette di anticipare l'analisi dell'andamento di circa 3 giorni rispetto alla vecchia versione ed alla rolling average su 7 giorni standard, inoltra risulta piu' stabile e quindi piu' affidabile nelle previsioni sull'andamento degli ospedalizzati.
    Commenti giorni precedenti.
    4 Ottobre 2023: Il TPR riprende a salire, superando il picco del 22 Settembre, gli ospedalizzati arrivano a 3136 e continueranno a salire nei prossimio giorni. Il TPR a livello nazionale stimato a 16.143. Rt torna sopra l'1 stimato a 1.036. Gli indici degli ospedalizzati si mantengono bassi.
    11 Ottobre 2023: Importante calo del TPR dopo un picco il 3 Ottobre, gli ospedalizzati arrivano a 3589 e continueranno a salire nei prossimio giorni. Il TPR a livello nazionale stimato a 14.695. Rt scende in modo considerevole sotto l'1, non accadeva dal 18 Luglio 2023, stimato a 0.942.
    18 Ottobre 2023: Continua la flessione del TPR dopo un picco il 3 Ottobre, gli ospedalizzati arrivano a 3633, ma nei prossimi giorni iniziaranno a scendere. Il TPR a livello nazionale stimato a 14.163. Rt sotto l'1, stimato a 0.964.
    25 Ottobre 2023: Continua la flessione del TPR il picco degli ospedalizzati e' stato il 17 Ottobre ed ora sono scesi a 3546. Il TPR a livello nazionale stimato a 12.482. Rt sotto l'1, stimato a 0.911.
    1 Novembre 2023: Il TPR riprende a salire a livello nazionale stimato a 13.348. Rt torna sopra l'1, stimato a 1.062. Nessuna variazione significativa sugli indici degli ospedalizzati.
    8 Novembre 2023: Il TPR stabile a livello nazionale stimato a 13.042. Rt stimato a 1.0. Nessuna variazione significativa sugli indici degli ospedalizzati.
    15 Novembre 2023: Dopo un periodo di stabilita' il TPR riprende a salire a livello nazionale stimato a 15.905. Rt stimato a 1.106. Nessuna variazione significativa sugli indici degli ospedalizzati.
    22 Novembre 2023: Importante salita del TPR che supera il picco del 3 ottobre, TPR a nazionale stimato a 17.529. Rt stimato a 1.153. La percentuale degli ospedalizzati sui positivi risale a livelli di meta' Dicembre 2021.
    29 Novembre 2023: Continua la salita del TPR, TPR nazionale stimato a 18.335. Rt stimato a 1.037. Continia la lieve salita della percentuale degli ospedalizzati sui positivi, al senza raggiungere tuttavia livelli critici.
    6 Dicembre 2023: Continua la salita del TPR, TPR nazionale stimato a 19.867. Rt stimato a 1.062. Continia la lieve salita della percentuale degli ospedalizzati sui positivi,il rapporto tra terapie intensive e ospedalizzati non ha invece variazioni significative. Gli ospedalizzati arrivano a 6500 e continuerenno a salire almeno fino a Natale.
    13 Dicembre 2023: L'ultima ondata sembra aver raggionto il picco il 6 Dicembre con TPR a 20.49, mentre la stima attuale e' a 19.511. Rt torna sotto l'uno, stimato a 0.984. Continia la lieve salita della percentuale degli ospedalizzati sui positivi, il rapporto tra terapie intensive e ospedalizzati non ha invece variazioni significative. Gli ospedalizzati arrivano a 7311 e continuerenno a salire almeno fino a Natale.
    20 Dicembre 2023: Conferma la tendenza in discesa, dopo il picco del 6 Dicembre con TPR a 20.49, la stima attuale e' a 17.922. Rt stimato a 0.933. Si nota un calo degli ospedalizzati, ma non e' ancora chiaro se il picco e' stato raggiunto, tenderanno comunque a scendere la prossima settimana. Anche la percentuale degli ospedalizzati sui positivi risulta in lieve flessione, da valutare nei prossimi giorni.
    27 Dicembre 2023: La discesa del TPR sembra arrestarsi a seguito di un evidente crescita in alcune regioni del centro/sud: Lazio, Campania, Puglia, Sicilia, da valutare la prossima settimana, la stima attuale del TPR e' a 18.671. Rt stimato a 1. Si nota un evidente calo degli ospedalizzati con un picco il 16/12. Confermata la flessione della percentuale degli ospedalizzati sui positivi. Si nota un evidente crescita nelle regioni del centro/sud: Lazio, Campania, Puglia, Sicilia.
    3 Gennaio 2024: La discesa del TPR continua, la stima attuale del TPR e' a 15.586. Rt stimato a 0.887. Continua il calo degli ospedalizzati e la flessione della percentuale degli ospedalizzati sui positivi. La crescita nelle regioni del centro/sud sembra arrestarsi.
    10 Gennaio 2024: La discesa del TPR continua, la stima attuale del TPR e' a 9.197. Rt stimato a 0.694, uno dei valori piu' bassi registrato dall'inizio della pandemia. Continua il calo degli ospedalizzati e la flessione della percentuale degli ospedalizzati sui positivi.
    17 Gennaio 2024: Netto calo dei contagi, la discesa del TPR continua, la stima attuale del TPR e' a 5.371. Rt tocca il valore piu' basso da inizio pamdemia in Italia il 13 Gennnaio 2024 a 0.616, ora stimato a 0.673. Continua il calo degli ospedalizzati che nel giro di 10 giorni dovrebbero scendere di ulteriori 3000 unita'. Si riscontrano inoltre le flessioni delle percentuali degli ospedalizzati sui positivi e dei ricoveri in terapia intensiva sugli ospedalizzati. La situazione e' analoga in tutte le regioni.
    24 Gennaio 2024: La discesa del TPR continua, la stima attuale del TPR e' a 3.653. Rt stimato a 0.792. Continua il calo degli ospedalizzati e la flessione della percentuale degli ospedalizzati sui positivi. Calo del TPR in tutte le regioni tranne una piccola risalita in Lazio.
    31 Gennaio 2024: La discesa del TPR continua, la stima attuale del TPR e' a 2.636. Si tratta del valore piu' basso riscontrato nel periodo Invernale da inizio pandemia. Rt stimato a 0.846. Continua il calo degli ospedalizzati e la flessione della percentuale degli ospedalizzati sui positivi.
    7 Febbraio 2024: La discesa del TPR continua, la stima attuale del TPR e' a 2.207. Si tratta nuovamente del valore piu' basso riscontrato nel periodo Invernale da inizio pandemia. Rt stimato a 0.923. Continua il calo degli ospedalizzati, anche questi indicano il valore piu' basso riscontrato nel periodo invernale in tutta la pandemia.
    14 Febbraio 2024: La discesa del TPR continua, la stima attuale del TPR e' a 1.624. Si tratta nuovamente del valore piu' basso riscontrato nel periodo invernale da inizio pandemia. Rt stimato a 0.896. Continua il calo degli ospedalizzati, che si protrarra' almeno per ulteriori 10 giorni.
    21 Febbraio 2024: La discesa del TPR continua, la stima attuale del TPR e' a 1.201. Si tratta nuovamente del valore piu' basso riscontrato nel periodo invernale da inizio pandemia e si sta avvicinando ai minimi estivi. Rt praticamente costante stimato a 0.91.
    28 Febbraio 2024: La discesa del TPR continua, la stima attuale del TPR e' a 0.923. Si tratta nuovamente del valore piu' basso riscontrato nel periodo invernale da inizio pandemia e si sta avvicinando ai minimi estivi. Rt praticamente costante stimato a 0.931.
    6 Marzo 2024: La discesa del TPR sembra attenuarsi, la stima attuale del TPR e' a 0.8 dopo aver raggiunto un minimo di 7.59 il 3 Marzo. Si tratta nuovamente del valore piu' basso riscontrato nel periodo invernale da inizio pandemi. Rt torna versio 1 stimato a 0.975.
    13 Marzo 2024: La discesa del TPR continua ma in attenuazione, la stima attuale del TPR e'a 0.659. Si tratta nuovamente del valore piu' basso riscontrato nel periodo invernale da inizio pandemi. Rt costante stimato a 0.975.
    20 Marzo 2024: La discesa del TPR continua ma in attenuazione, la stima attuale del TPR e'a 0.609. Questa settimana raggiunto un minimo di 0.589 il 16 Marzo, si tratta nuovamente del valore piu' basso riscontrato nel periodo invernale da inizio pandemi. Rt in lieve risalita stimato a 0.993, si tratta del periodo piu' lungo della pandemia in cui Rt e' sotto l'uno.
    27 Marzo 2024: La discesa del TPR continua la stima attuale e' 0.549. Rt costante stimato a 0.991, si tratta del periodo piu' lungo della pandemia in cui Rt e' sotto l'uno.
    3 Aprile 2024: La discesa del TPR termna la stima attuale e' 0.596, con un minimo raggiunto il 27 Marzo stimato a 0.506. Rt torna sopra l'uno stimato a 1.02, situazione da confermare la prossima settimana.
    10 Aprile 2024: TPR stazionario la stima attuale e' 0.554. Rt cicino ad uno, stimato a 0,999.
    17 Aprile 2024: TPR stazionario la stima attuale e' 0.511. Rt cicino ad uno, stimato a 0,994.
    24 Aprile 2024: TPR stazionario la stima attuale e' 0.581. Rt cicino ad uno, stimato a 1.022.
    01 Maggio 2024: Dopo un periodo stazionario siamo di fronte ad una ripresa dei contagi la stima attuale del TPR e' 0.891. Rt vicino ad uno, stimato a 1.096.
    08 Maggio 2024: Il TPR torna a scendere la stima attuale del TPR e' 0.757. Rt torna sotto l'uno, stimato a 1.096.
    15 Maggio 2024: Il TPR riprende la salita e torna sopra 1%, la stima attuale del TPR e' 1,002. Rt torna sopra l'uno, stimato a 1.061.
    22 Maggio 2024: La lieve salita del TPR continua, la stima attuale e' 1,043. Rt sopra l'uno, stimato a 1.025.
    29 Maggio 2024: La salita del TPR continua, la stima attuale e' 1,385. Rt sopra l'uno, stimato a 1.086.
    5 Giugno 2024: La salita del TPR continua, la stima attuale e' 1,87. Rt sopra l'uno, stimato a 1.133. Si osserva una crescita in quasi tutte le regioni, ma rimangono stabili a livello nazionali gli indicatori sugli ospedalizzati.
    12 Giugno 2024: La salita del TPR continua, la stima attuale e' 2.094. Rt sopra l'uno, stimato a 1.066. Rimangono stabili a livello nazionali gli indicatori sugli ospedalizzati.
    19 Giugno 2024: La salita del TPR continua, la stima attuale e' 2.751. Rt sopra l'uno, stimato a 1.156. Rimangono stabili a livello nazionali gli indicatori sugli ospedalizzati.
    26 Giugno 2024: La salita del TPR continua, la stima attuale e' 3.323. Rt sopra l'uno, stimato a 1.118. Rimangono stabili a livello nazionali gli indicatori sugli ospedalizzati.
    3 Luglio 2024: La salita del TPR continua, la stima attuale e' 4.793. Rt sopra l'uno, stimato a 1.243. Salita in quasi tutte le regioni, rimangono stabili a livello nazionali gli indicatori sugli ospedalizzati.
    10 Luglio 2024: La salita del TPR continua, la stima attuale e' 7.016. Rt sopra l'uno, stimato a 1.294. Rimangono stabili a livello nazionali gli indicatori sugli ospedalizzati.
    17 Luglio 2024: La salita del TPR continua, la stima attuale e' 11.09. Rt sopra l'uno, stimato a 1.388. Rimangono stabili a livello nazionali gli indicatori sugli ospedalizzati.
    La regione selezionata appare in grassetto: